进入19世纪60年代以来，清政府的统治陷入危机之中：在内部，太平天国运动和捻军起义虽然依次平息，但在西北陕甘诸省，又爆发了规模惊人的回民起义；在外部，英法联军发动了第二次鸦片战争，先后攻陷广州、天津、北京等地，将富丽壮观的圆明园付之一炬，并逼迫清政府签订了一系列不平等条约，出让大量主权。

俄国也趁火打劫，先后逼迫清政府签订《中俄北京条约》《勘分西北界约记》，在东北夺取了乌苏里江以东包括库页岛在内约40万平方公里的土地，在西北则割占巴尔喀什湖以东、以南44万平方公里的土地。其势力大举进入新疆地区，逼迫清政府增开喀什噶尔为商埠，同意其在喀什噶尔设立领事馆。

在内外交困的局面下，清政府在新疆的统治摇摇欲坠。当时新疆一年的军政开支就需要白银200万两，全靠内地各省协济，这笔支出约占当时清政府年财政收入的5%。

由于内地军务未竣，度支告匮，所有新疆各城经费及军饷几乎无从筹拨，到1862年时，内地协饷全部断绝。由于得不到军饷，新疆各地爆发了军队“纠众乞饷”“胁官索饷”的事件。

为筹措军饷，阿克苏办事大臣绵性在阿克苏增设盐税，规定平民每人每月交纳普尔钱两文。官府大开捐纳之门的同时，吏治也更加败坏。在当局竭泽而渔的压榨措施下，新疆各地经济凋敝，民众抗粮、抗徭的斗争也日益频繁。

当时，新疆各地还居住在大量被称作“东干人”的回民，他们的祖籍也多来自陕甘等地。在陕甘回民起事后，就有人潜赴新疆“暗相煽惑”。虽然清政府一向严禁内地伊斯兰教士进入新疆布道，但此时其统治力衰微，已经难以控制。

同治三年(1864年)，库车首先发生了民众暴动。在渭干河近旁，一批无力交纳粮赋而被迫服劳役的农民在开渠垦荒期间，有许多人因冻饿而死。不堪忍受的饥民们最终发起暴动，一个夜晚就杀死了2名官吏和15名伯克，随后又向库车城进发。

6月4日，在来自陕西玉门的回民杨春的联络下，库车城外的回民在马隆等人的带领下趁机起事。6月6日，暴动群众攻入城中，库车办事大臣萨灵阿等官吏及8名伯克被杀。

他们一开始准备拥戴库车郡王爱玛特为首领，但爱玛特忠于清政府，不愿参与其中。见爱玛特不愿就范，暴动的群众便将他处死了。

最后，库车人拥立了一位当地的伊玛目热西丁和卓为首领。热西丁登上汗位后，被称作“汗和卓”，又被尊称为“圣人穆罕默德最伟大的后裔，宇宙力量的主宰者”。

热西丁将人间的一切不幸都归罪于所谓异教徒的统治，号召民众进行圣战。至此，这一反抗清政府的运动沦为消灭异己的工具，汉人要么被迫改宗伊斯兰教，要么被杀。

随后，热西丁派兵东征西讨，先后攻占了阿克苏、库尔勒、喀喇沙尔(今焉耆)等地。他的胜利极大地鼓舞了其他地区的穆斯林，天山南北各地很快形成一片烽火连城的景象。

在成功策动库车暴动后，杨春又来到乌鲁木齐，在那里他联络了当地驻军绿营参将索焕章起事。索焕章出身甘肃回民望族，其父索文曾任甘肃提督一职，在军中颇有地位。

同样来自甘肃的阿訇妥明在潜入新疆后，便居住于索家，索焕章“素蓄异志”，两人一拍即合。7月15日，索焕章在当地门宦的支持下，推妥明为主帅，组织回民起事，并于7月29日攻占了乌鲁木齐汉城。

全城满、汉官兵及百姓1.3万余人被害。乌鲁木齐满城则在被围困80多天后，被回民武装掘开城墙后失陷，都统平瑞兵败自杀。其后，妥明自称清真王，改年号为清真2893年，并排挤了索焕章，独自攫取了大权。

7月26日，叶尔羌城也发生了暴动，汉民7000余人被杀，残存清军只得退守汉城。7月至10月间，绥来、奇台、阜康、呼图壁等地纷纷失陷，汉族群众多遭屠戮，其中阜康地区死难群众多达4至5万人。

而清政府当时有驻军约1.5万人，主要分为三部分，即八旗、绿营及“伊犁四营”。其中八旗为主力，约7000人；绿营多为回族士兵，约2000人；“伊犁四营”则分别为从东北、蒙古等处调来戍边的锡伯营、索伦营、察哈尔营和东归的土尔扈特部蒙古组成的厄鲁特营，约6000人。

这支驻军除守备新疆的主要城市外，还要负责驻守漫长边境线上的各个“卡伦”(满语“哨所”之意)，兵力分散之下，根本难以应付四处燃起的烽火。伊犁将军常清对此一筹莫展，只能连忙上奏，请求催调各路官兵援助新疆。

清政府接到急报后，迅速做出反应，免去了因贪赃枉法而声名狼藉的伊犁将军常清的职务，令伊犁参赞大臣明绪接替常清为伊犁将军，又指示新任陕甘总督杨岳斌率领所部精锐立刻赴任，接手新疆军务。

清廷同时从各地调兵遣将，分别命乌里雅苏台将军麟兴、荆州将军穆图善等人分别率兵赶赴陕甘，并命令奉旨简放的各城领队、办事大臣迅速抵任治所，剿灭各地叛军。

然而，新疆的局势还是急转直下。9月，布鲁特族首领思的克与回族首领金相印在喀什噶尔起兵。不久后，伊犁宁远城失陷，伊犁将军驻地惠远城、满营驻地惠宁城也被围攻。

新任伊犁将军明绪急调锡伯营、索伦营马队800人回守惠远城.又招募汉民、哈萨克壮士3000人共同守城，才确保惠远城暂时不失。

妥明军见惠远城城池高大、防守严密，遂转攻古城。入援的2万喀尔喀蒙古兵奉命解古城之围，结果一触即溃，败退的残军一路狂奔逃到科布多城。见蒙古兵战斗力低下，清政府不得不下令将其裁撤遣散。

陕甘总督杨岳斌虽是湘军宿将，在与太平军的交战中屡立战功，受一等轻车都尉世职，但此时手下却无多少兵马，需回湖南募集，一时难以成军。荆州将军穆图善所部则远在湖北，即使星夜兼程，赶到新疆也需一定时日。

为解新疆危局，清政府又急令湘军名将鲍超率所部霆字营出关，但鲍超的部属不愿远征，竟以欠饷为由哗变于湖北金口，朝廷竟也无可奈何。

1865年3月，在坚守了近3个月后，古城失陷，领队大臣惠庆及以下官兵连同妇女7000余人被杀。伊犁将军明绪作为新疆最高军政长官，却陷入无兵无饷的境地，各地索兵请饷，纷纷告急。

此时，明绪甚至萌生了借师助剿，希望借助俄军来平定叛乱的念头。清政府最初也对俄国出兵抱有期望，但在与俄国交涉过程中，认识到俄国狼子野心，为害更大，最终放弃了这一想法。

此时，在新疆各地，除了库车的热西丁“汗和卓”政权和乌鲁木齐的妥明“清真王”政权外，伊犁地区的迈孜木杂特、肖开特、艾拉汗等人亦先后自称“苏丹”，割据伊犁河谷地一带，和田地区则由自称“帕夏”的哈比布拉所占据。

他们一面过着骄奢淫逸的生活，一面又打着圣战的旗帜，蛊惑群众，制造民族仇杀，煽动民族分裂，将新疆淹没在血泊中。

为了生存，各地汉族群众纷纷结寨自保，形成一系列民团组织。这些民团“结寨堡，集精壮”，且耕且战，自屯自守，收容了各地逃来的大量难民，在极端艰苦的条件下孤军奋战将近10年，保护了许多群众的安全。

在取得对各地清军的胜利后，各个割据势力间很快便陷入倾轧之中。他们为了争夺地盘，相互攻伐不休。其中喀什噶尔的形势最为复杂，回民首领金相印、白山派首领托合提马木、布鲁特首领思的克三派各自占据一块地盘，而汉城则仍为清军所控制。此外，库车的热西丁政权也对喀什噶尔虎视眈眈。

为了应付内忧外患，思的克想到了流亡在外的白山派和卓家族，希望能依靠这一家族的声望来赢得维吾尔人的支持。1864年9月，他与金相印联合起来，由金相印亲自带队来到浩罕迎接白山派和卓后裔。

金相印一行来到浩罕后，受到了浩罕摄政王阿利姆·库里的接见。此时的浩罕已经风雨飘摇，俄国大军兵临城下，但浩罕还是决定继续插手新疆事务。

这次，浩罕找出的傀儡是波罗尼都的曾孙——张格尔之子布素鲁克，他被任命为喀什噶尔汗，浩罕大臣阿古柏则作为其勇士长及代理人随行。

阿利姆·库里要求布素鲁克写下书面保证，同意只当名义上的统治者，过吃喝玩乐的生活，军政大事全由阿古柏负责。

阿古柏于1820年出生在一个名叫匹斯坎特的小城，这座小城位于塔什干以南约80公里处。他的父亲是当地的一个小官吏。

由于父母离异，母亲早逝，无依无靠的他成了孤儿，流落到塔什干城，当过舞童、娈童。长大后，由于将美丽的同母妹妹献给了塔什干城总督纳尔·穆罕默德·库什，成了库什的姻亲。

阿古柏以此关系进入军中，不久后便被晋升为五百夫长，成为浩罕的一名中级军官。1847年，由于其展示出来的杰出军政才能，他又被派往位于锡尔河下游的城市阿克摩斯杰德出任和硕伯克。该城为浩罕边境重镇，地位十分重要，阿古柏由此成为浩罕的重要官员。

在讲究家族关系、部落关系的浩罕宫廷中，阿古柏没有强大的家族支持及金钱保障。因此，他的每一步升迁都要付出比其他人更多的努力，同时，他也在层出不穷的各种宫廷阴谋中逐渐变得冷漠无情，狡诈多变。

不过，浩罕已经派不出多少人马了，最初与阿古柏等人同行的只有6名随从，之后经过补充，也仅仅只有68人。当时很少有人认为阿古柏他们会取得成功，许多人认为这次任命乃是一次放逐。

在别人看来，阿古柏作为浩罕内部倾轧的失败者，最好的结局也无非是像一个勇敢的军人般战死沙场。其实对阿古柏来说，这反倒是一个重要的契机。

浩罕此时已经是一座随时可能倒塌的大厦，离开浩罕意味着他能够摆脱控制，自立为王。他在得知喀什噶尔的局势后，极力怂恿布素鲁克，让他表示愿做浩罕的马前卒。

当阿古柏与布素鲁克一行人踏上前往喀什噶尔的道路后，也许是出于建功立业的野心，也许是出于对布素鲁克和卓血统的敬仰，中途有不少人加入了这支队伍。

来到喀什噶尔城下时，阿古柏的队伍已经颇具规模。此时，思的克心中颇感后悔，布素鲁克具有宗教号召力，而阿古柏则精明能干，毫无疑问他们将反客为主。

于是他伪称清军即将发起进攻，试图阻止阿古柏等人继续前进，但无济于事，阿古柏决心将冒险进行到底。1865年1月，当阿古柏簇拥着布素鲁克进入城中时，思的克不得不违心地表示欢迎。

阿古柏深知拥有自己的武装才是立足之本，因此他以布素鲁克的名义纠集起一支数千人的军队，其中来自浩罕的400多名安集延人是其倚仗的中坚力量，被阿古柏委以重任。

站稳脚跟后，阿古柏开始排挤思的克，准备独霸喀什噶尔。思的克被迫出走至英吉沙尔，在那里他招募起一支军队发起反击。

但阿古柏的军队不断有人来投，思的克却得不到当地维吾尔人的支持，双方的实力发生了逆转。在野战中，思的克的布鲁特军队难以抵挡狂热的阿古柏所部，很快败北，只得退守喀什噶尔北部山区。在阿古柏的持续打击下，思的克只得抛弃部众，逃亡塔什干。

阿古柏随后率军攻下了英吉沙尔，但在进攻喀什噶尔汉城的战斗中遭到了失败，损失不小。不过阿古柏并未因此绊住脚步，他本人受原叶尔羌城副阿奇木伯克尼牙孜的邀请，向叶尔羌挺进。布素鲁克则被留在喀什喝尔，继续监视汉城的守军。

此时的叶尔羌城中，多方势力割据一方。阿古柏充分利用叶尔羌城内回、维两族之间的矛盾，仅仅凭借一支几百人的小队伍便攻入了叶尔羌城。随后，他因为清洗当地的宗教领袖及其部下，与库车统治者热西丁的兄长谢赫纳扎尔丁所部爆发了激烈的冲突。

激战中，城门突然被库车军的大将哈木丁关闭，阿古柏的部下见此情形，纷纷失去战意，为了活命他们纵马跳下城墙，结果许多人毙命于城下。

这时，恰好有一处城门没有来得及关闭，阿古柏便从这里逃出了城。却不料马失前蹄，连人带马跌进了护城河里。眼看着就要坐以待毙，这个时候，一位名叫程罕歌德巴巴的十夫长打此经过，连忙将阿古柏扶到自己的马上，阿古柏这才逃出生天，回到了喀什噶尔。

阿古柏在逃亡路上丢光了所有辎重，狼狈不堪，不过，他的实力并没有伤及筋骨。他随后便集结军队，于1866年4月攻下了英古沙尔汉城，并迫使清政府守军投降。英吉沙尔是阿古柏入侵南疆后以武力攻占的第一座城池，他通过控制喀什噶尔至英吉沙尔地段，取得了战略回旋地。

占领英吉沙尔后，阿古柏向浩罕本土送上了包括9门大炮、9名美女、9匹骏马在内的礼物以请功报提，并拥立布素鲁克正式登上了汗位。

英吉沙尔的失陷使得喀什噶尔汉城的清军愈加孤立，而布鲁特首领思的克也因为再次战败而不得不接受阿古柏的同盟条件。同时，阿古柏还通过谈判收编了一支骁勇善战的巴达克山人，阿古柏的势力愈发强大。

1865年初夏时分，阿克苏、库车、吐鲁番等地的割据势力决定联合起来对付越来越咄咄逼人的阿古柏。他们集合起一支4万人的大军进驻至巴楚，威胁着喀什噶尔的安全，而阿古柏所能集合的力量不到对手的三分之一。

为了振奋士气，他将布素鲁克也带到了战场上。双方最后激战于英吉沙尔附近。在激烈的战斗中，阿古柏军最初节节败退。

布鲁特人和巴达克山人先后退出了战场，原本被当作精神核心的布素鲁克更是成了第一批逃跑的人，最后只剩下阿古柏的直属部队抵挡着对方的进攻。

面对潮水般涌来的敌军，阿古柏高喊着“胜利是真主的恩赐”死战不退，全身多处负伤，最终迫使联军不得不因伤亡过重而撤军。

阿古柏抓住机会发起反击，斩获颇丰，联军中有1000多名回族士兵见势不妙，连忙转投其麾下。这次大捷使阿古柏身上又多了一层光环，布素鲁克则因在这一战中表现出来的胆怯无能，声誉一落千丈。

随着阿古柏取得一系列胜利的消息传回喀什噶尔，据守汉城的清军终于失去了坚守的勇气。9月1日，经过谈判后，清军在守将绿营守备何步云的带领下，打开城门投降，他们依旧被安置在喀什噶尔城中，但被迫改宗伊斯兰教，成为阿古柏军队中的组成部分。

这年秋天，浩罕大将玉努斯江率领败兵7000余人投奔阿古柏，随其一同前来的还有布素鲁克的堂兄弟倭里罕、卡塔条勒等人，极大地增强了阿古柏的力量。

1866年3月，伊犁惠远城被攻陷，伊犁将军明绪兵败自杀，已革将军常清被俘。至此，清政府在新疆的统治几乎全被摧毁，其势力仅限于东疆的哈密、巴里坤，北疆北部的额尔齐斯河至塔城一线。其中，从河西走廊通往新疆的咽喉要道星星峡仍在清政府控制之中。

此时，由于沙俄的步步紧逼，浩罕汗国迅速瓦解。这既断了阿古柏的后路，又让他挣脱了束缚。阿古柏开始筹谋在新疆建立自己的统治王国。他开始怠慢布素鲁克，并很少再借用布素鲁克的名义发号施令。

沉溺于享受的布素鲁克感受到了阿古柏的威胁，也联络各方势力准备推翻阿古柏。在阿古柏第二次入侵叶尔羌时，布素鲁克在布鲁特人的支持下，突然回到喀什噶尔，宣布阿古柏是一个叛教徒，要求喀什噶尔的伊斯兰教长老宣布阿古柏为不受法律保护的人。

但这些长老们已全部被阿古柏收买，反而说阿古柏伯克值得被本国和整个伊斯兰世界称道。阿古柏得知消息后，迅速与叶尔羌的守军议和，日夜兼程地赶回了喀什噶尔。

布素鲁克只得匆忙选走，他的堂兄弟倭里罕则被阿古柏下令丢至枯井中处死。不过，阿古柏认为丢弃和卓旗帜的合适时机尚未到来，于是没有立即称汗，而是扶持阿帕克和卓的另一位后裔卡塔条勒登上汗位。

但卡塔条勒同样不甘心充当阿古柏的傀儡，不久后便被阿古柏秘密毒死。卡塔条勒死后不久，布素鲁克回到了喀什噶尔。阿古柏展示了他的“宽宏大度”，又一次把布素鲁克推上汗位。布素鲁克见识到阿古柏的手段后，不敢再有丝毫的反抗举动。

在和卓的旗号下，阿古柏完成了侵吞新疆计划的第一步。阿古柏在稳定喀什噶尔，消除后顾之忧以后，便展开了侵略计划的第二步：在伊斯兰教“圣战”的旗帜下，开始了侵占南疆的军事行动。

库车的热西丁政权是阿古柏在南疆所面临的最强大的敌人，但此时已经因为内部斗争而逐渐衰弱。谢赫纳扎尔丁在叶尔羌城击败阿古柏后，日益专横跋扈，导致此战胜利的最大功臣哈木丁负气离开，谢赫纳扎尔丁随后也因驾驭不了该城错综复杂的局势不得不离去。

1865年7月，热西丁以兄长加玛力丁为主将，第二次征伐叶尔羌。8月，在顺利夺取叶尔羌后，加玛力丁率领大军继续西进，试图一举夺取喀什噶尔，彻底驱逐阿古柏。这支远征军数量庞大，号称有7.2万人之多。

两军激战于英吉沙尔境内的罕依热克村附近，加玛力丁所部虽然拥有费时两年造就的装备和兵器，但却一触即溃，逃奔阿克苏方向而去。

对于阿古柏来讲，罕依热克之战是其东越帕米尔以来获取的又一次重大军事胜利。随后，阿古柏乘胜进入叶尔羌，将其的入势力范围。

次年，热西丁决定再次西征喀什噶尔。伊斯哈克被任命为此次军事行动的主将，他是热西丁家族中年轻一代的佼佼者，在热西丁政权建立过程中屡立战功。

但是热西丁嫉妒伊斯哈克的成就，害怕他的这位侄子取代自己的地位，因此调拨给伊斯哈克的军队都是临时招募的市井恶少，精锐旧部则被留在了阿克苏和库车。

在伊斯哈克的率领下，库车军很快再次攻下了叶尔羌。1866年6月，阿古柏再次出兵，他并未与伊斯哈克正面交锋，而是先攻取巴楚，断绝了伊斯哈克与其后方库车的联系，随后再率军直逼叶尔羌城下。

由于热西丁原本答应给伊斯哈克增派的乌什和阿克苏的援军迟迟未到，伊斯哈克决定趁阿古柏立足未稳之际，率军出城劫营，没想到劫营部队中了埋伏，损失惨重。伊斯哈克被迫投降，但他得到了阿古柏的款待后回到了巴楚。

阿古柏以“圣战”的名义连克数城，塔里木盆地南缘只剩下和田地区还未被其控制。和田的“帕夏”哈比布拉乃伊斯兰教法官出身，以对伊斯兰教极端虔诚著称。

1866年12月，阿古柏攻占莎车，对当地民众进行了残酷的屠杀。随后他借布素鲁克的名义，以一个伊斯兰教虔诚信徒的身份写信给哈比布拉，向哈比布拉表示来和田是为了朝拜加帕尔·萨迪克的麻扎（陵墓）。

哈比布拉对此深信不疑，出城迎接阿古柏，并进入了阿古柏的军营中。阿古柏假意拥抱哈比布拉，趁机将其骗入营帐，推入暗室，又把前来迎接父亲的哈比布拉之子尼木托拉汗抓了起来，之后两人均被处死。

接着阿古柏的部队就开进了和田城，先锋部队进入宫廷后，迅速接管了所有仓库。哈比布拉汗的妻子被软禁，和田城的官吏有的被处死，有的被监禁。就这样，阿古柏以阴谋诡计和屠杀夺取了和田城。

此时，库车的热西丁政权再次发生内讧。屋漏偏逢连夜雨，在库车以东，吐鲁番盆地的额敏和卓家族突然起兵，他们联合城中的回民击败了库车政权委任的阿奇木伯克，随后跨越戈壁，攻占喀喇沙尔，兵临库尔勒城下。

热西丁被迫再次启用伊斯哈克与哈木丁两人，这才击退了来自东线的威胁。但阿古柏此时抓住库车政权难以两线作战的破绽，果断出兵，迅速攻占了阿克苏，随后又迫降了驻守乌什的赫提夫。从库尔勒回师的哈木丁见大势已去，便率领部下向阿古柏投降。

1867年6月15日，阿古柏兵临库车城下，大举攻城，库车人殊死抵抗，甚至将阿古柏的长子胡达·胡里打死在巷战中。但最后，库车城仍旧陷落了，热西丁被俘后被阿古柏下令处死。驻守在喀喇沙尔的伊斯哈克见库车失陷，也献城投降，库车政权至此灭亡。

随着库车的热西丁政权覆灭，阿古柏在南疆取得了决定性的胜利。这时他认为和卓这面旗帜已没有作用了，于是他一脚踢开布素鲁克，建立起所谓的“哲德沙尔国”，阿古柏自封为“毕调勒特汗”(意为“洪福之王”)。

随着阿古柏势力的日益扩张网上炒股杠杆网站，他自觉地位已经十分牢固，终于撕去了最后的伪装，将布素鲁克这位为其撑旗的和卓以朝觐的名义送往了人们不宜知道的路上。